Subject

Основи на биоинформатиката

Course Title

Основи на биоинформатиката
Fundamentals of Bioinformatics

Code

BI-Z-02

Study Programme

Биоинформатика

Organizer of the study programme (unit, institute, department or division)

Faculty of Computer Science and Engineering

Degree level (first, second, third cycle)

Second cycle

Academic year / semester

9 / Winter

Number of ECTS credits

Teacher

Кире Триводалиев, Невена Ацковска, Слободан Калајџиски

Prerequisites for enrolling in the course

—

10.

Objectives of the course programme (competences)

Студентот ќе биде оспособен за користење на веќе постоечките алгоритми развиени за
решавање на биоинформатички проблеми, а исто така ќе биде оспособен за развој на
сопствени алгоритми.

11.

Course content

Во овој предмет ќе се изучуваат основите алгоритми и нивните напредни варијации за
решавање на ралични проблеми. Посебен акцент ќе биде ставен на нивна примена во
биоинформатичките проблеми. Структурата на предметот ќе опфаќа: алгоритми и нивна
комплексност, лакоми алгоритми, динамичко програмирање, раздели и владеј алгоритми,
граф алгоритми, комбинаторно препознавање на шаблони, кластерирање и стебла,
скриени Маркови модели, веројатносни алгоритми, глобално/локално порамнување на
парови секвенции, порамнување на повеќе секвенции, матрици на замена, пребарување на
бази на податоци со секвенции, BLAST и негови варијации.

12.

Learning methods

Предавања поддржани со презентации преку слајдови, интерактивни предавања, вежби (користење на опрема и софтверски пакети), тимска работа, пример случаи, поканети гости предавачи, самостојна изработка и одбрана на проектна задача и семинарска работа, учење во електронско опкружување (форуми, консултации).

13.

Total available time

6 ECTS x 30 hours = 180 hours

14.

Distribution of available time

60 + 0 + 45 + 45 + 30 = 180 hours

15.

Forms of teaching activities

15.1.	Lectures - theoretical instruction	60 hours
15.2.	Exercises (laboratory, auditory), seminars, teamwork	0 hours

16.

Other forms of activities

16.1.	Project assignments	45 hours
16.2.	Independent assignments	45 hours
16.3.	Home study	30 hours

17.

Assessment method

17.1.	Tests	15 бодови
17.2.	Seminar paper / project (presentation: written and oral)	45 points
17.3.	Activities and learning	15 бодови
17.4.	Final exam	0 points

18.

Grading criteria (points / grade)

up to 50 points	5 (five) (F)
from 51 to 60 points	6 (six) (E)
from 61 to 70 points	7 (seven) (D)
from 71 to 80 points	8 (eight) (C)
from 81 to 90 points	9 (nine) (B)
from 91 to 100 points	10 (ten) (A)

19.

Requirement for obtaining a signature and taking the final exam

реализирани активности 15

20.

Language of instruction

Macedonian and English

21.

Method for monitoring the quality of teaching

internal evaluation and survey mechanism

22.

Literature

22.1.	Required literature 1. N. C. Jones, P. A. Pevzner \| An Introduction to Bioinformatics Algorithms \| MIT Press \| 2004 2. Andreas D. Baxevanis, B. F. Ouellette \| Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins \| Wiley \| 2010 3. A. Lesk \| Introduction to Bioinformatics \| Oxford University Press; 4 edition \| 2014
22.2.	Additional literature No. Author Title Publisher Year