Subject

Основи на биоинформатиката

1. Наслов на наставниот предмет Основи на биоинформатиката
Fundamentals of Bioinformatics
2. Код BI-Z-02
3. Студиска програма Биоинформатика
4. Организатор на студиската програма (единица, односно институт, катедра, оддел) Факултет за информатички науки и компјутерско инженерство
5. Степен (прв, втор, трет циклус) Втор циклус
6. Академска година / семестар 9 / Зимски
7. Број на ЕКТС кредити 6
8. Наставник Кире Триводалиев, Невена Ацковска, Слободан Калајџиски
9. Предуслови за запишување на предметот
10. Цели на предметната програма (компетенции) Студентот ќе биде оспособен за користење на веќе постоечките алгоритми развиени за
решавање на биоинформатички проблеми, а исто така ќе биде оспособен за развој на
сопствени алгоритми.
11. Содржина на предметната програма Во овој предмет ќе се изучуваат основите алгоритми и нивните напредни варијации за
решавање на ралични проблеми. Посебен акцент ќе биде ставен на нивна примена во
биоинформатичките проблеми. Структурата на предметот ќе опфаќа: алгоритми и нивна
комплексност, лакоми алгоритми, динамичко програмирање, раздели и владеј алгоритми,
граф алгоритми, комбинаторно препознавање на шаблони, кластерирање и стебла,
скриени Маркови модели, веројатносни алгоритми, глобално/локално порамнување на
парови секвенции, порамнување на повеќе секвенции, матрици на замена, пребарување на
бази на податоци со секвенции, BLAST и негови варијации.
12. Методи на учење Предавања поддржани со презентации преку слајдови, интерактивни предавања, вежби (користење на опрема и софтверски пакети), тимска работа, пример случаи, поканети гости предавачи, самостојна изработка и одбрана на проектна задача и семинарска работа, учење во електронско опкружување (форуми, консултации).
13. Вкупен расположив фонд на време 6 ЕКТС x 30 часа = 180 часа
14. Распределба на расположивото време 60 + 0 + 45 + 45 + 30 = 180 часа
15. Форми на наставните активности
15.1. Предавања - теоретска настава 60 часови
15.2. Вежби (лабораториски, аудиториски), семинари, тимска работа 0 часови
16. Други форми на активности
16.1. Проектни задачи 45 часови
16.2. Самостојни задачи 45 часови
16.3. Домашно учење 30 часови
17. Начин на оценување
17.1. Тестови 15 бодови
17.2. Семинарска работа / проект ( презентација: писмена и усна) 45 бодови
17.3. Активности и учење 15 бодови
17.4. Завршен испит 0 бодови
18. Критериуми за оценување (бодови/ оценка)
до 50 бода5 (пет) (F)
од 51 до 60 бода6 (шест) (E)
од 61 до 70 бода7 (седум) (D)
од 71 до 80 бода8 (осум) (C)
од 81 до 90 бода9 (девет) (B)
од 91 до 100 бода10 (десет) (A)
19. Услов за потпис и полагање на завршен испит реализирани активности 15
20. Јазик на кој се изведува наставата македонски и англиски
21. Метод на следење на квалитетот на наставата механизам на интерна евалуација и анкети
22. Литература
22.1. Задолжителна литература
1. N. C. Jones, P. A. Pevzner | An Introduction to Bioinformatics Algorithms | MIT Press | 2004
2. Andreas D. Baxevanis, B. F. Ouellette | Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins | Wiley | 2010
3. A. Lesk | Introduction to Bioinformatics | Oxford University Press; 4 edition | 2014
22.2. Дополнителна литература
Ред.бр. Автор Наслов Издавач Година